綜合管理部（行政、人事、財務）：以綜合、協調、服務、聯絡、管理、日常接待為基本職能，起草制定年度工作計劃安排；組織制訂、修訂有關規章制度；服務、協調重要活動、項目和業務工作開展；為會領導提供辦公服務；負責文電、機要、印鑒、年檢、會務、檔案、安全保衛等機關日常運行與管理工作；負責信息管理與網絡技術服務工作；組織企業家活動日和優秀企業家評選表彰活動，開展和參與相關問題調研工作。

雇主工作部（突出維權）：本會專事雇主工作的職能部門，代表本會參加國家協調勞工關系三方會議，參加有關勞動關系重大問題協調；參與有關涉及勞動關系方面的法律法規和政策的制定，維護企業和企業家合法權益；指導與協調各地、各行業企聯/企業家協會開展三方機制建設和勞動關系協調工作；開展勞動關系調查和研究工作，組織開展三方機制和勞動關系方面的培訓和工作交流；組織開展誠信企業評價活動，推動企業誠信建設；動員中國企業參加聯合國全球契約及其國際、國內活動，積極引導企業履行社會責任，提供社會責任咨詢、培訓服務；參與國際勞工組織有關活動，開展與其他有關國家雇主組織的交流與合作。

企業維權部：   

項目開發部（商事，各項目組）：承擔綜合性研究和智力服務任務的業務部門，研發服務類產品，圍繞協會職能，運用市場營銷手段，負責協會重大項目的策劃、跟蹤、落實。

會員工作部（培訓、宣傳、政策）：本會負責會員發展、會員管理和會員服務的綜合服務部門。主要職能是：發展會員、建立同會員單位及理事會成員的密切聯系，管理會員數據庫；制定理事會及會員管理制度；組織會員單位參與本會活動；歸口為會員單位提供信息資料服務；反映企業和企業家訴求；收繳會費。同時，配合本會有關部門按期辦理年檢；為企業家開展健康促進工作提供科普宣教、健康管理、醫療協助、人才培養等多方面支持和服務。

縣區分支機構：縣區辦事處，以設立人民調解中心、表彰先進、勞務派遣為結合點，在各縣區選擇威望企業作為機構負責人，接受協會統一管理。